Medizinische Bioinformatik
und Systembiologie




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Teaching in WiSe 2015/16


392145   Modellierung und Simulation metabolischer Netzwerke    
Vorlesung   Zeit: Mo., 14 - 16 Uhr; Raum: D5-113   Hofestädt
Übung   Zeit: n.V.; Raum: D5-113   Brinkrolf
    Die Vorlesung gibt einen Überblick über die existierenden Modellansätze zur Modellierung metabolischer Netzwerke. Insbesondere wird die regelbasierte Modellierung sowie die Modellierung mit Petri-Netzen vorgestellt. Anschließend erfolgt ein Überblick über die verfügbaren Datenquellen im Internet sowie die verfügbaren Simulatoren.

In dieser Übung werden verschiedene Themen aus der Vorlesung vertieft behandelt und praktisch nachvollzogen. Schwerpunkte der Übung sind: Design molekularer Datenbanken, dynamische Modellierung von Pathways und Datenvisualisierung.

   
392144 Parallele Algorithmen und Datenverarbeitung    
Vorlesung   Zeit: Do., 14 - 16 Uhr; Raum: U0-139   Hofestädt
Übung   Zeit: Mo. & Do., 12 - 14 Uhr, Raum: V2-222   Lewinski
    Ausgangspunkt ist die Definition paralleler Algorithmen. Grundlegende theoretische Modelle der parallelen Datenverarbeitung werden vorgestellt (z.B. Schaltkreise, P-RAM). Der Entwurf paralleler Algorithmen wird diskutiert. Grundkonzepte parallele Architekturen werden vorgestellt.

Parallele Algorithmen auf der Grundlage des "message passing" Konzeptes werden in der Übung am verfügbaren Parallelrechner implementiert und getestet.

   
392148   Einführung und Anwendung der Petri-Netze   Hofestädt
Seminar   Zeit: Di., 11 s.t.; Raum: D5-113  
   

Im Seminar wird grundlegende und weiterführende Literatur zum Thema "Petri-Netze" behandelt. Zu den entsprechenden Themen werden durch die Teilnehmer Vorträge gehalten.

Vorbesprechung: Mi., 21.10.2015, 12.00 Uhr s.t.; Raum: D5-113

    Weitere Informationen
392171   Projekt: Parallele Algorithmen   Lewinski
Projekt   Zeit: n.V.; Raum: D5-113  
   

Vorbesprechung: n. V.; Raum: D5-113

   
392178   Projekt: Parallele Algorithmen biologischer Netzwerke   Lewinski
Projekt   Zeit: n.V.; Raum: D5-113  
   

Vorbesprechung: n.V.; Raum: D5-113

   
392250   Analyse und Visualisierung biologischer Netzwerke   Kormeier
Projekt   Zeit: Do., 16-18 Uhr; Raum: D5-113  
    Vorbesprechung: Do., 22.10.2015, 16 Uhr s.t.; Raum D5-113

   
392251   Entwicklung eines web-basierten Informationssystems für molekularbiologische Daten   Kormeier
Projekt   Zeit: Mi., 16-18 Uhr; Raum: D5-113  
    Vorbesprechung: Mi., 21.10.2015, 16 Uhr s.t.; Raum D5-113

   
392155   Konzeption und Implementierung biomedizinischer Informationssysteme   Hofestädt, Shoshi, Ogultarhan
Projekt   Zeit: Mi., 14-16 Uhr; Raum: D5-113  
   

Vorbesprechung: Mi., 21.10.2015, 14 Uhr c.t.; Raum D5-113
2.Vorbesprechung: Mi, 28.10.2015, 14 Uhr s.t.; Raum D5-113

   
392179   CELLmicrocosmos Cell Visualization   Kormeier
Projekt   Zeit: Fr., 10-12 Uhr; Raum: C5-151  
   

In den letzten Semestern wurden mehrere 3D-stereoskopische Szenarien mit Blender entworfen, die den Blick aus einem Fenster in die Natur möglichst realistisch nachbilden sollen. Diese werden nun als Ausgangspunkt für eine Reise vom "Real Life" zur molekularen Ebene benutzt werden, bei denen neben Blender auch CELLmicrocosmos-Tools zum Einsatz kommen werden.

Vorbesprechung: Fr., 23.10.2015, 10.00 s.t., Raum: C5-151

    Weitere Informationen
392223   AG Seminar Bioinformatik / Medizinische Informatik   Hofestädt
Seminar   Zeit: Do., 11 - 13 Uhr ; Raum: D5-113  
   

Ausgewählte Themen der Bioinformatik