Medizinische Bioinformatik
und Systembiologie




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Teaching in SoSe 2013


392187
Seminar
  AG Seminar Bioinformatik / Medizinische Informatik
Zeit: Do, 11 - 13 Uhr ; Raum: D5-113
  Hofestädt
    Ausgewählte Themen der Bioinformatik

   
392119 Biomedizinische Informationssysteme    
Vorlesung   Zeit: Mi, 14 - 16 Uhr; Raum: D5-113;   Hofestädt
392120        
Übung   Zeit: nach Absprache mit den Teilnehmern; Raum: D5-113   Shoshi
    Zunächst erfolgt die Definition und Diskussion des klassischen Begriffs der Informationsverarbeitung und der Informationssysteme. Außerdem werden grundlegende Bemerkungen zu Ontologien und Datenaustauschformaten gemacht, sowie relevante Beispiele aus der Praxis vorgestellt. Im Anschluß erfolgt eine Einführung in die typischen Datenquellen im Bereich der molekularen Medizin. Auf der Grundlage unterschiedlicher Integrationsansätze werden existierende Werkzeuge zur Integration heterogener Datenquellen diskutiert. Abschließend wird eine Einführung in die grundlegenden Techniken zur Entwicklung web-basierter Informationssysteme gegeben.

Mit theoretischen und praktischen Übungen werden die Themen der Vorlesung vertieft.

   
392147   Fehleranalyse bei molekularen Datenbanken   Hofestädt
Projekt/Projektseminar   Zeit: n.V.; Raum: D5-113  
   
   
392150   Konzeption und Implementierung biomedizinischer Informationssysteme   Hofestädt, Shoshi
Projektseminar   Zeit: nach Absprache mit den Teilnehmern; Raum: D5-113  
   

   
392105   Medizinische Wissensverarbeitung    
Vorlesung   Zeit: Di, 14 - 16 Uhr; Raum: D5-113   Hofestädt
392106        
Übung   Zeit: n.V.; Raum: D5-113   Lewinski
    Die medizinische Wissensverarbeitung ist ein wesentliches Gebiet der �Medizinischen Informatik�. Die molekulare Biologie in Kombination mit den Methoden der Bioinformatik hat auch dieses Gebiet in den vergangenen Jahren neu pr�gen k�nnen. Der diagnostische Einsatz der Methoden des fallbasierten Schlie�ens (Case Based Reasoning) sowie der kausal probabilistischen Netze werden in dieser Vorlesung zentral behandelt.

Es werden die Themen der Vorlesung anhand von theoretischen und praktischen �bungsaufgaben vertieft.

   
392250   Analyse und Visualisierung biologischer Netzwerke   Kormeier
Projekt (Master)   Zeit: Do 16 - 18; Raum: D5-113  
   

Vorbesprechung: Do., 12.04.2013, 16 Uhr s.t.; D5-113

   
392159   Entwicklung eines web-basierten Informationssystems f�r molekularbiologische Daten   Kormeier
Projekt   Zeit: Mi 16 - 18; Raum: D5-113  
   

Vorbesprechung: Mi., 11.04.2013, 16 Uhr s.t.; D5-113

   
392171   Message Passing Programming   Lewinski
Projekt   Zeit: n.V.; Raum: C5-153    
   

1. Vorbesprechung: Do., 18.04.2013; 14 s.t.; D5-113

   
392232   Cell Visualization   Sommer
Seminar   Zeit: Mi., 10 c.t.; Raum: D5-113 oder C5-151  
   

In allen Biologie-verwandten Studienf�chern begegnen uns die unterschiedlichsten Visualisierungsans�tze von Zellen: Angefangen von Buch-Illustrationen �ber Filme/Animationen, verschiedenste Arten der Mikroskopie, Lernsoftware und Membransimulationen. In diesem Seminar soll im Rahmen von Referaten ein �berblick und ein erstes Bewertungskonzept zu diesem weitl�ufigen Thema erarbeitet werden.

Vorbesprechung: Mi., 10.04.2013, 10.00 c.t., Raum: D5-113

    Weitere Informationen
392170   CELLmicrocosmos Cell Modelling:   Sommer
Projekt   Zeit: Mi., 14 c.t.; Raum: C5-151  
   

Das CELLmicrocosmos 1 Projekt beschäftigt sich mit der drei-dimensionalen Modellierung von Zellen, während sich das CELLmicrocosmos 2 Projekt mit der Modellierung und Simulation von Membranen widmet. Sowohl programmiertechnische, datenintegrative als auch 3D-modellierende Aufgabenstellungen sind hier m�glich. Dieses Semester wird der Fokus auf m�glichst realistischer stereoskopischer Animation liegen, wobei unsere PowerWall zum Einsatz kommen wird.

Vorbesprechung: Mi., 10.04.2013, 14.00 c.t., Raum: C5-151

    Weitere Informationen
392110   Interdisziplinäre ZellVisualisierung   Sommer
Vorlesung   Zeit: Fr., 10 c.t.; Raum: D5-113 oder C5-151  
   

In der Vorlesung werden die unterschiedlichsten ZellVisualisierungsansätze besprochen und analysiert. Gleichzeitig wird Basiswissen im Bereich der Zellbiologie vermittelt werden. Das interdisziplinäre Spektrum reicht von Filmsequenzen �ber Buch-Illustrationen, Webseiten, Datenbanken, Edukativen Ans�tzen, Computerspielen und -programmen. In Relation dazu werden zelluläre Simulationsansätze, wissenschaftliche Publikationen und die durch die Mikroskopie generierte Realität gesetzt. Nicht zuletzt wird dabei auch auf die umfangreichen Resultate aus den letzten CELLmicrocosmos-Projekten und -Abschlussarbeiten zur�ckgegriffen werden k�nnen.

Vorbesprechung: Mi., 10.04.2013, 10.00 c.t., Raum: D5-113

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